שיעור הסיבוכים בהיסטרוסקופיה קטן, והם קשורים למיומנות המבצע, לניסיונו ולמידת הקושי בניתוח. סיבוכים נדירים כוללים קרע צווארי, דימום, אי יכולת להיכנס לחלל, ספיגת יתר של נוזלים (היפונתרמיה ובצקת מוחית), נקב ברחם (שעלול לדרוש לפרוסקופיה או פתיחת בטן), דימום, זיהום, ופגיעה טרמית באיברים שכנים.
