בדיקה זו אינה ספציפית רק לגידולי שחלה וריכוז החלבון עולה גם במצבים אחרים רבים (false positives).
אחד המצבים השכיחים שבו בדיקה זו חורגת מתחום הנורמה הינו אנדומטריוזיס, אך ישנם רבים אחרים כגון:
דלקת אגנית, רחם שרירני, רחם עם אדנומיוזיס, הריון חוץ רחמי, גידולי שחלה שפירים, דלקת בלבלב דלקת בטנית (פריטוניטיס), הריון, ווסת, אי"ס לב, כבד או כליות.
הרמה התקינה של CA-125 מתחת ל- 35u/ml.