אנדומטריוזיס עלול לפגוע בפריון. שכיחות האנדומטריוזיס באוכלוסיית הנשים בגיל הפריון נעה בין 6% ל 10% לעומת כ 35% ויותר בנשים עם בעיות פריון. אנדומטריוזיס עלול לפגוע בפריון בדרכים שונות כגון פגיעה בחצוצרות ע"י יצירת הידבקויות או בצקת בחצוצרות, ע"י פגיעה בשחלות עקב היווצרות אנדומטריומות או עקב ניתוחים חוזרים וע"י מנגנונים שונים הקשורים להפעלת המערכת החיסונית.
היכולת להרות בנשים עם אנדומטריוזיס עלולה להיפגע גם כאשר המטופלת עוברת הפריית מבחנה עם זאת יש להדגיש כי מרבית הנשים עם אנדומטריוזיס ואפילו בדרגת חומרה קשה מצליחות להרות. חלקן ללא כל טיפול וחלקן לאחר טיפול ניתוחי או פריוני. אבחנה מוקדמת עשויה לשפר את יכולת הפריון
היכולת להרות בנשים עם אנדומטריוזיס עלולה להיפגע גם כאשר המטופלת עוברת הפריית מבחנה עם זאת יש להדגיש כי מרבית הנשים עם אנדומטריוזיס ואפילו בדרגת חומרה קשה מצליחות להרות. חלקן ללא כל טיפול וחלקן לאחר טיפול ניתוחי או פריוני. אבחנה מוקדמת עשויה לשפר את יכולת הפריון